Der lever mange forskellige skimmelsvampe på flisstykker. Nogle få af dem er særligt tilpasset vilkårene i en flisstak, og disse skimmelsvampe vil dominere i luftmålingerne.

I flisstakke dominerer svampe, der er gode til at nedbryde træsafter og tåle varmen i midten af stakken. Under skimmelsvampenes omsætning af flisen udvikles varme. Det betyder, at vandet i flisen fordamper, hvor der er varmest, og kondenserer igen, længere ude mod overfladen, hvor flisen er koldere. I køligt vejr kan man ofte se en kraftig damp over flisstakke. Skimmelsvampene har forskellige livsvilkår afhængigt af, hvor i stakken de vokser. Det kan til tider give en række zoner i stakken, hvor svampevæksten har været meget kraftig, og flisen derfor er særligt omsat.

En af de svampe, der er mange af i flis, hedder Aspergillus fumigatus. Den er tilpasset høj varme og er derfor også meget almindelig på savværker, hvor der ovntørres træ, og i væksthuse, hvor der er varmt og fugtigt. Svampen kan forårsage en række sundhedsproblemer. Blandt andet har den en særlig evne at kunne vokse i lungerne. Normalt vil immunforsvaret forhindre, at sporer spirer i lungerne, men denne svamp kan i sjældne tilfælde etablere sig.