Det er et problem at lagre flis. Indholdet af vand og næringsstoffer i flis betyder, at den mikrobielle omsætning går temmelig hurtigt. Som eksempel kan det nævnes, at en stak med skovflis taber mellem 2 og 4 % tørstof om måneden. Lagringsforholdene og flistypen er vigtige for nedbrydningshastigheden. Generelt stiger nedbrydningshastigheden med stigende andel af bark og grønne dele i flisen. Nedbrydningen går hurtigere i finthugget flis end i groft flis. Andelen af smuld er også vigtig. Således kan groft flis med et højt indhold af smuld også give grobund for en hurtig omsætning. Desuden har stakhøjden og komprimeringen indflydelse på nedbrydningen. Jo højere og mere komprimeret flisen er stakket, jo større bliver tabet.

I Norge er det forbudt at stakke flis højere end 8 meter af hensyn til selvantændelse. Vi har ingen tilsvarende lov i Danmark.

Flis tørrer naturligvis bedst under et halvtag. Om det er økonomisk rentabelt at bygge et halvtag, må bero på de specifikke forhold. Opbevares flis inden døre fx i en lade, tørrer det hurtigt, men det medfører en kraftig sporeforurening af rummet, og al håndtering af flisen vil ske i en meget tæt sky af sporer.